สารพันธุกรรมเปรียบเสมือนรหัสชีวิตที่ตั้งแต่การงอกจนถึงให้ผลผลิต ในข้าวสารพันธุกรรมมีอยู่ 400 ล้านคู่เบสโดยแบ่งออกเป็น 12 ส่วนเรียกว่า โครโมโซม (chromosome) และเรียกรวมทั้งหมดว่า จีโนม ความสำเร็จในการถอดรหัสพันธุกรรมข้าวทำให้ทราบถึง จำนวน ตำแหน่ง และทิศทาง การแสดงออกของยีน ซึ่ง มีมากกว่า 50000 ชนิด

แต่อย่างไรก็ตามการที่จะทราบว่ายีนนั้นๆ ทำหน้าที่อะไรต้องใช้ความพยายามในการทดลองค้นคว้าอีกมาก วิธีการหนึ่ง คือการวางแผนที่ จีโนม (Genome mapping) เมื่อทราบ ตำแหน่งและบทบาทของยีนในตำแหน่งแล้ว นักปรับปรุงพันธุ์ยังสามารถนำเอาชิ้นส่วนตัวแทนของยีนนี้มาช่วยให้การปรับปรุงพันธุ์มีความแม่นยำมากขึ้น วิธีการดังกล่าวเรียกว่า Marker-Assisted Selection (MAS)