ยีนถือเป็นแผนผังของชีวิต ซึ่งจัดได้ว่าเป็นสมบัติอันล้ำค่าต่อเทคโนโลยีชีวภาพและการเกษตร ประเทศไทยได้เข้าร่วมกับ IRGSP เพื่อทำการถอดรหัสจีโนมข้าวและนำไปสู่การนำเสนอข้อมูลจีโนมข้าวในปี ๒๕๔๕ ทำให้จีโนมข้าวเป็นจีโนมพืชที่ใหญ่ที่สุดเท่าที่เคยถูกทำการถอดรหัสในปัจจุบันจีโนมข้าวเปรียบเสมือนใจกลางหลักของจีโนมของธัญพืชข้าวมีจีโนมที่เล็กที่สุด และมียีนหลายตัวที่พบอยู่ในธัญพืชชนิดอื่นๆมีความจำเป็นอย่างน้อย ๓ ข้อที่นักวิทยาศาสตร์จะต้องทำการถอดรหัสจีโนมข้าว เพื่อให้ได้มาซึ่งข้อมูลจีโนมข้าวที่ครบถ้วนและมีคุณภาพ

1.     ความสามารถในการค้นหาหน้าที่ของยีน จำเป็นจะต้องอาศัยข้อมูลรหัสจีโนมข้าวที่มีความเที่ยงและแม่นยำ 2.    เนื่องจากข้าวเป็นพืชต้นแบบของพืชจำพวกหญ้า การได้มาซึ่งข้อมูลจีโนมข้าวที่ควบถ้วนและแม่นยำนั้น จะนำไปสู่การค้นพบใหม่ๆในพืชตระกูลหญ้าอื่นๆต่อไปความเข้าใจเกี่ยวกับการแสดงออกของลักษณะต่างๆของข้าวที่มี ความสำคัญในด้านเศรษฐกิจ จำเป็นจะต้องใช้การเปรียบเทียบบนข้อมูลจีโนมที่มีความถูกต้องและเที่ยงตรง

การศึกษาการแสดงออกในลักษณะต่าง ๆ ของข้าว โดยวิธีการทางพันธุศาสตร์ได้ก่อให้เกิดข้อมูลที่แสดงให้เห็นว่า บริเวร เฉพาะบางตำแหน่งบนโครโมโซมของข้าวนั้น มีอิทธิพลต่อลักษณะต่างๆของข้าว ซึ่งในวงการวิทยาศาสตร์จะเรียกตำแหน่งบนโครโมโซมเหล่านี้ว่า Quantitative trait loci (QTL) จุดประสงค์หลักของการหา QTL คือการหาจำนวน, ตำแหน่ง, การควบคุม และการมีปฏิกิริยาต่อกันของ loci ต่างๆที่มีผลต่อการเปลี่ยนแปลงของลักษณะต่างๆของข้าว

หลังจากมีการนำเสนอข้อมูลจีโนมข้าว การศึกษายีนแอนโนเทชั่น มักจะนำไปสู่การค้นพบยีนที่น่าสนใจ ที่อยู่ในช่วงหนึ่งบนโครโมโซมซึ่งพบว่ามีการส่งผลต่อการแสดงออกของลักษณะบางประเภทของข้าว (QTL) การทำนายหน้าที่ของยีนต่างๆมักจะช่วยในการชักนำไปสู่การคัดเลือกยีนที่อาจจะเป็นยีนที่ส่งผลกระทบต่อลักษณะนั้นๆของข้าวได้ แต่ทั้งนี้ทั้งนั้น ขั้นตอนการคัดเลือกยีนนี้มักจะต้องมีการใช้ข้อมูลมากมายที่ได้มาจากการทำการทดลองทางพันธุศาสตร์และโมเลกุลแบบดั้งเดิม มาประกอบการตัดสินใจ ข้อมูลจากแหล่งต่างๆเช่น pseudo-molecule, โครงการแอนโนเททจีโนมข้าว, RAP1 (the international rice genome annotation project), การศึกษาการมีปฏิกิริยาต่อกันของโปรตีนต่างๆ และข้อมูล Microarray จึงถูกนำเสนอออกมาและเก็บอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะโดยข้อมูลแต่ละประเภทจะถูกเก็บแตกต่างกันไป