การพัฒนาระบบ Rice Gene Thresher ก็เพื่อเป็นระบบผู้เชี่ยวชาญและระบบจัดการฐานข้อมูลสำหรับช่วยในการค้นหายีนที่น่าสนใจ โดยระบบถูกสร้างให้มีการจัดเก็บและรวบรวมข้อมูลต่างๆของข้าวอาทิเช่น ข้อมูลจีโนมและโปรตีโอม เพื่อใช้ในการช่วยตัดสินใจและเลือกยีนที่น่าสนใจ

Rice Gene Thresher ปัจจุบันทำงานอยู่บนระบบปฏิบัติการ Red Hat Enterprise Linux ES version 4 ในเครื่องคอมพิวเตอร์เซิร์ฟเว่อร์ ระบบเว็บของ Rice Gene Thresher ถูกสร้างและใช้งานบน Apache web server ซึ่งจะเป็นโปรแกรมที่ให้การเชื่อมโยงผ่านระบบ HTTP ภาษา HTML และ PERL-SVG module ถูกใช้ในเป็นระบบแสดงภาพกราฟฟิกทั้งหมดของ Rice Gene Thresher การเชื่อมต่อระหว่างระบบต่างๆทางเว็บและฐานข้อมูลจะถูกจัดการตามสถาปัตยกรรม client-server โดยใช้โปรโตคอลของ PERL-DBI การดูแลและเปลี่ยนแปลงฐานข้อมูลจะถูกทำผ่าน UNIX shell prompt

ฐานข้อมูลของระบบสามารถแบ่งออกได้เป็น 7 กลุ่มหลัก 1)Genetic data (ข้อมูลทางพันธุศาสตร์) 2) Genome annotation (ข้อมูลการแอนโนเททจีโนม) 3) Functional characterization with GO terms (ข้อมูลการอธิบาย หน้าที่โดยใช้ GO term) 4) Related gene expression experiments and full-length cDNA (ข้อมูลเกี่ยวกับการทดลองการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้อง และข้อมูล cDNA เต็มความยาว) 5) Protein domains and functional sites (ข้อมูลโดเมนของโปรตีนและตำแหน่งสำคัญต่อหน้าที่นั้นๆ) 6) Metabolic pathways 7) Protein-protein interaction records (ข้อมูลการมีปฏิกิริยากันของโปรตีนต่างๆ)

ระบบ Rice Gene Thresher ถูกสร้างโดยใช้ภาษาคอมพิวเตอร์ PERL ระบบจะประกอบด้วย ส่วนหลักๆ 8 ส่วน  (โปรแกรม PERL 96 โปรแกรม) 1) DNA marker searching (ส่วนการค้นหา DNA Maker) 2) QTL mapping searching (ส่วนการหาตำแหน่ง QTL)  3) Genome features (ส่วนแสดงลักษณะต่างๆด้านจีโนม) 4) Transcriptomes features (ส่วนแสดงลักษณะต่างๆทางทรานสกริปโตม) 5) Proteomes features (ส่วนแสดงลักษณะต่างๆทางโปรทีโอม) 6) Protein-Protein interactomes features (ส่วนแสดงลักษณะที่เกี่ยวกับการมีปฏิกิริยากัน      ของโปรตีนต่างๆ) 7) Metabolomes feature (ส่วนแสดงลักษณะเกี่ยวกับ เมตตะโบโลม) 8) Integration features (ส่วนรวบรวมข้อมูลเพื่อเสนอแนะยีนที่น่าสนใจ)

ผู้สนใจสามารถใช้ระบบ Rice Gene Thresher  ผ่านทางอินเทอเน็ตโดยเข้าไปที่ http://rice.kps.ku.ac.th