งานวิจัยพัฒนาพันธ์ุข้าว

 ผลงานจากทีมวิจัย RSC KU BIOTEC NSTDA

การพัฒนาระบบ Rice Gene Thresher ก็เพื่อเป็นระบบผู้เชี่ยวชาญและระบบจัดการฐานข้อมูลสำหรับช่วยในการค้นหายีนที่น่าสนใจ โดยระบบถูกสร้างให้มีการจัดเก็บและรวบรวมข้อมูลต่างๆของข้าวอาทิเช่น ข้อมูลจีโนมและโปรตีโอม เพื่อใช้ในการช่วยตัดสินใจและเลือกยีนที่น่าสนใจ

 

Rice Gene Thresher ปัจจุบันทำงานอยู่บนระบบปฏิบัติการ Red Hat Enterprise Linux ES version 4 ในเครื่องคอมพิวเตอร์เซิร์ฟเว่อร์ ระบบเว็บของ Rice Gene Thresher ถูกสร้างและใช้งานบน Apache web server ซึ่งจะเป็นโปรแกรมที่ให้การเชื่อมโยงผ่านระบบ HTTP ภาษา HTML และ PERL-SVG module ถูกใช้ในเป็นระบบแสดงภาพกราฟฟิกทั้งหมดของ Rice Gene Thresher การเชื่อมต่อระหว่างระบบต่างๆทางเว็บและฐานข้อมูลจะถูกจัดการตามสถาปัตยกรรม client-server โดยใช้โปรโตคอลของ PERL-DBI การดูแลและเปลี่ยนแปลงฐานข้อมูลจะถูกทำผ่าน UNIX shell prompt

 

ฐานข้อมูลของระบบสามารถแบ่งออกได้เป็น 7 กลุ่มหลัก
1)Genetic data (ข้อมูลทางพันธุศาสตร์)
2) Genome annotation (ข้อมูลการแอนโนเททจีโนม)
3) Functional characterization with GO terms (ข้อมูลการอธิบาย หน้าที่โดยใช้ GO term)
4) Related gene expression experiments and full-length cDNA (ข้อมูลเกี่ยวกับการทดลองการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้อง และข้อมูล cDNA เต็มความยาว)
5) Protein domains and functional sites (ข้อมูลโดเมนของโปรตีนและตำแหน่งสำคัญต่อหน้าที่นั้นๆ)
6) Metabolic pathways
7) Protein-protein interaction records (ข้อมูลการมีปฏิกิริยากันของโปรตีนต่างๆ)

 

ระบบ Rice Gene Thresher ถูกสร้างโดยใช้ภาษาคอมพิวเตอร์ PERL ระบบจะประกอบด้วย ส่วนหลักๆ 8 ส่วน  (โปรแกรม PERL 96 โปรแกรม)
1) DNA marker searching (ส่วนการค้นหา DNA Maker)
2) QTL mapping searching (ส่วนการหาตำแหน่ง QTL) 
3) Genome features (ส่วนแสดงลักษณะต่างๆด้านจีโนม)
4) Transcriptomes features (ส่วนแสดงลักษณะต่างๆทางทรานสกริปโตม)
5) Proteomes features (ส่วนแสดงลักษณะต่างๆทางโปรทีโอม)
6) Protein-Protein interactomes features (ส่วนแสดงลักษณะที่เกี่ยวกับการมีปฏิกิริยากัน
     ของโปรตีนต่างๆ)
7) Metabolomes feature (ส่วนแสดงลักษณะเกี่ยวกับ เมตตะโบโลม)
8) Integration features (ส่วนรวบรวมข้อมูลเพื่อเสนอแนะยีนที่น่าสนใจ)

ผู้สนใจสามารถใช้ระบบ Rice Gene Thresher 
ผ่านทางอินเทอเน็ตโดยเข้าไปที่ http://rice.kps.ku.ac.th

 

 

ข่าวสารและกิจกรรม

 

ข้าวลูกผสม

บทความแนะนำ งานวิจัยข้าว

ข้าวลูกผสม” Game-Charger of Rice“ข้าว” ซึ่งตามธรรมชาติเป็นพืชผสมตัวเอง การที่จะสร้างเมล็ดพันธุ์ลูกผสมจึงมีซับซ้อน...

 

 

อนุมูลอิสระ คือ อะไร ? ทำไมต้องสารต้านอนุมูลอิสระ

บทความแนะนำ อนุมูลอิสระ

การได้รับสารต้านอนุมูลอิสระจากอาหาร เช่นวิตามิน อี เบ้ตาแคโรทีน แอนโทไซยานิดิน (anthrocyanidin) สารประกอบโฟลีฟีนอลต่าง ๆ

บทความงานวิจัย

งานบริการของเรา

GENOME ANALYSIS SERVICES

Whole Genome Sequencing  | Bioinformatics | Transcriptome Sequencing  

 

บริการตรวจความหอม (2ap)

ข้าวหอมมะลิ และ พืช อื่น ๆ  

บริการตรวจความบริสุทธิ์สายพันธุ์ข้าว

Dna Profiling Laboratory & DNATEC Lab 

 

    บริการวิเคราะห์จีโนม

เว็บไซต์ของเรามีการใช้คุกกี้ เพื่อให้ท่านได้รับการใช้งานเว็บไซต์ที่ดีแสดงผลได้ถูกต้อง เมื่อใช้งานเว็ปไซต์ของเราต่อถือว่ายินยอมให้มีการใช้งานคุกกี้